Il giovanissimo Jojo Betzler ha 10 anni e ha molte difficoltà a relazionarsi con i suoi coetanei. Sempre impacciato viene appunto chiamato Jojo Rabbit - coniglio - per sottolineare, con la crudeltà di certi bambini, sostenuti dagli adulti in divisa nazista, le sue difficoltà. Per cercare di affrontare un mondo che gli sembra sempre ostile, Jojo si rivolge allora al suo amico immaginario che ha il volto di Adolf Hitler, interpretato dallo stesso regista. Ma il giovanissimo comincia a porsi molte domande sulla legittimità di quanto gli viene insegnato a scuola e nel campo di addestramento, quando scopre che la madre nasconde in soffitta Elsa, una ragazza ebrea. Tra Jojo e Elsa nasce un'amicizia che porta il ragazzino a guardare con altri occhi quanto sta succedendo intorno a lui e a dubitare sulla bontà degli insegnamenti relativi al nazismo che riceve.